1951年11月19日，燃料部职工医院成立，为鼓楼中医医院前身。
1954年1月，医院改名为卫生部机关卫生处直属第三医院。
1957年，医院改名为北京市鼓楼医院。
1969年，医院改名为红旗医院。
1970年1月，医院迁至青海省，分到青海省大通县医院和青海省玉树洲立医院。
1970年5月，东城区景山医院与鼓楼医院留守人员合并建立了东城区红旗门诊部。
1974年5月，医院改建为东城区中医医院。
1979年，医院更名为北京市鼓楼中医医院。
1993年3月，医院成立全国唯一一所“京城名医馆”。
1996年11月6日，医院更名为北京联合大学中医药学院附属鼓楼中医医院。
1997年3月，原安定门医院全体并入鼓楼中医医院。
1997年9月，医院被评为“二级甲等中医医院”。
1998年，医院列入北京市涉外医院。
2008年，医院更名为北京市鼓楼中医医院。
2010年，医院被授予“国家中医药发展综合改革试验区建设示范基地”、“北京市社区中医药人才培养‘回归扎根’工程中医类别全科医师岗位培训临床实习基地”。
2011年，医院被评为首批“北京中医药文化旅游示范基地”。
2012年9月，医院通过“二级甲等中医医院”复审。
2020年12月，北京市中医管理局正式批复鼓楼中医院升级成为三级中医医院。
