干扰素不能直接杀死或直接抑制丙肝病毒，只能增强机体的免疫力，让机体增加消灭病毒的能力，也可以诱导病毒产生一种抗肝病毒的蛋白，但不直接作用于病毒。一般来说，单独使用干扰素治疗效果并不理想，必须联合利巴韦林才能取得比较好的疗效。
干扰素的干扰因素很多，比如年龄、人种、体重、性别、丙肝基因型、肝脏情况、合并症等，而且不良反应也很大，表现为发热、寒战、打喷嚏、浑身无力、厌食、消瘦、失眠、抑郁等。另外，干扰素需要注射给药，半衰期较短，使用很不方便。
丙肝的治疗现在主要用一些小分子的直接抗病毒药物，治愈率达到90%以上。由于丙肝病毒很善变，现在基本上有六种基因型，包括68个亚型，不同基因型对免疫系统的逃逸不同，对治疗方案的敏感度不同，所以治疗会很复杂，用药也在不停变化。