肠穿孔根据穿孔部位的不同，分为直肠穿孔、结肠穿孔和小肠穿孔，其病因各不相同。

1、直肠穿孔一般都是由于外伤导致的，如建筑工人从高处坠落、钢筋穿破直肠等。

2、外伤、结肠憩室破裂、溃疡性结肠炎进一步进展等，都可能会导致结肠穿孔。肠道结核、炎症等也可能会导致结肠穿孔。

3、如果消化性溃疡、十二指肠溃疡病情加重，且没有及时控制，就可能会导致十二指肠穿孔。如果梅克尔憩室合并有炎症，就可能会发生小肠穿孔。克罗恩病、炎症性肠病等会侵蚀小肠，就可能会导致小肠穿孔。外伤、肿瘤破溃等也可能会导致小肠穿孔。