贲门息肉的确切病因和发病机制，目前还不明确，推测其与遗传因素、不良饮食生活习惯以及慢性炎症刺激有一定关系。

1、遗传因素。如果家族中有贲门息肉病史，则该家族的成员发生贲门息肉的风险要比其他人高。

2、不良饮食生活习惯。例如有的患者饮食不规律，习惯暴饮暴食，或者经常饥一顿、饱一顿；有的患者有不良饮食偏好，喜欢吃辛辣、刺激或者特别硬的食物，或者喜欢吃腌制、烧烤类或油腻的食物，这些都与贲门息肉的发生有一定关系。

3、慢性炎症刺激。贲门息肉的发生与慢性胃炎、慢性食管炎或者胃食管反流造成的胃液反复刺激贲门部有一定关系。