输卵管囊肿的原因主要有以下三个方面：

1、如果炎症导致输卵管伞端闭锁，就会造成输卵管局部炎症，甚至形成输卵管积脓，就会使输卵管增大，形成囊性结构，也可认为是输卵管囊肿。

2、如果患者原来患有输卵管积脓，当炎症反应消退后，脓液被组织吸收，转变为清亮的浆液，就会形成输卵管囊肿。

3、如果炎症同时侵袭输卵管和卵巢，就会形成输卵管卵巢囊肿。