输卵管囊肿会癌变，但可能性非常小。

输卵管本身结构形成的囊肿非常少见，相对比较常见的是输卵管系膜囊肿。输卵管系膜囊肿一般都是良性的，癌变的概率非常低。如果炎症导致输卵管伞端闭锁，造成输卵管积水，使输卵管管腔扩张，最后就会形成囊性结构，即输卵管囊肿。如果炎症同时侵袭输卵管和卵巢，就会引起输卵管卵巢囊肿。这两种囊肿癌变的概率也非常低，但如果患者出现相应的临床症状，就要及时去医院就诊，积极治疗。