直肠黏膜内脱垂的病因不同，其症状也有所差异。直肠黏膜内脱垂的发生有两种假说，一种是滑动疝假说，即直肠黏膜向下滑动，形成脱垂；另一种是肠套叠假说，即反复肠套叠导致直肠向下移位，形成脱垂。基于这两种假说，可引申出两大类症状。

1、滑动疝假说认为，直肠黏膜内脱垂可造成局部的不适症状，比如肛门坠胀、排便不尽感等。此外，肛门括约肌松弛以后，肛门处可有黏液分泌，从而造成肛门潮湿等表现。

2、肠套叠假说认为，直肠黏膜内脱垂患者常有便秘、排便不畅或排便费力等表现。部分患者还可出现排便不尽感，或者里急后重（即患者有便意，想解便时又无便排出或仅排出少量粪便）等表现。