幻肢痛属于难治性顽固性疼痛，其主要治疗方法包括药物治疗、神经阻滞麻醉、外科手术治疗、物理治疗、心理治疗和电休克疗法等。
1、药物治疗。常用药物主要包括三环类抗抑郁药、抗惊厥药物、NMDA受体拮抗剂(美金刚等)，以及阿片类止痛药物。上述药物对缓解幻肢痛有一定的效果，但必须在医师和药师的指导下应用。
2、神经阻滞麻醉。通常情况下，神经阻滞麻醉可以有效帮助患者缓解残肢末端疼痛，尤其是神经末梢纤维瘤形成，或者神经末端和疤痕粘连，或者走行部位有明显疼痛，神经阻滞麻醉对其有较好的止痛效果。
3、外科手术治疗。如果是由于患者残端供血不足导致患者出现严重疼痛，医生通过开通血管或者介入手术，改善残肢末端的血液供应，缓解症状。对于存在局部神经卡压和粘连的患者，医生通过微创手术，松解局部神经卡压和粘连，改善症状。
4、物理治疗。物理治疗主要包括局部的红外线治疗、激光照射治疗等，对缓解疼痛有一定的作用。另外，中西医结合和身心医学的治疗方法，过去常被作为辅助疗法，但经研究发现，身心一体化治疗缓解幻肢痛的效果更为理想。尤其是配合局部针刀治疗或者中医药的安神定志、舒筋活血治疗，可以有效缓解症状。通过综合应用以上治疗方法，通常可以在较短时间内有效控制幻肢痛。
5、心理治疗。心理治疗可以帮助患者减轻心理压力，缓解抑郁焦虑情绪。常见的治疗方法主要包括支持性心理治疗、认知治疗、行为治疗等。
6、电休克疗法。电休克疗法可以干预部分特别严重的病变。