慢性结肠炎的治疗主要包括病因治疗和保护肠黏膜两方面，治疗方法有中医治疗、西医治疗和对症治疗。
一、中医治疗
中医将慢性结肠炎病证分为热毒炽盛、热盛阴耗、脾虚湿盛、脾肾虚衰、肝肾阴虚五种类型，通常中医师会根据患者情况进行辨证论治。
二、西医治疗
- 1、内科治疗：卧床休息、全身支持治疗、保持电解质平衡、改善全身营养状况；针对病因使用抗感染药物治疗，如根据细菌培养、细菌药敏试验结果选择相应抗生素，常用有诺氟沙星、环丙沙星、替硝唑、柳氮磺胺吡啶等，也可适当采用抗生素保留灌肠；还可酌情用强的松、地塞米松等皮质类固醇药物，但不主张长期使用激素。
- 2、外科治疗：主要是手术治疗，若发生中毒性巨结肠、肠穿孔、肠梗阻或肠狭窄等，通常要手术治疗。
三、对症治疗
可在专业医生指导下，正确使用解痉药物（阿托品、普鲁本辛、硝苯地平等）、止泻药物（复方樟脑酊、蒙脱石散、洛哌丁胺等）、肠道菌群调节药物（双歧杆菌活剂、双歧三联活菌制剂、乳酸杆菌等）、增加胃肠蠕动药物（多潘立酮、西沙必利）、缓解便秘药物（果导片、石蜡油、开塞露）等，有助于缓解不适症状，改善病情。
