儿童眼睛肌无力可通过药物治疗、手术治疗、血浆置换、静脉输入免疫球蛋白等方式来进行治疗。

眼睛肌无力通常指的是眼肌型重症肌无力。既往研究表明，眼肌型重症肌无力患者中20％~30％症状始终局限于眼部的肌肉（包括眼外肌、提上睑肌），10％~20％的患者可自愈，而50％~70％的患者3年内会发展为全身型重症肌无力。因此，该疾病需要长期使用药物治疗来进行控制。

抗乙酰胆碱酯酶类药物、糖皮质激素以及免疫抑制剂为该疾病主要治疗药物。少数患者可能需要进行胸腺切除的手术。胸腺作为免疫器官之一，是T细胞的成熟场所。切除胸腺可减少机体的免疫防御功能，进而减少免疫系统对自身的攻击。因此，切除胸腺对伴有胸腺瘤或胸腺增生的眼肌型重症肌无力患者具有一定疗效。另外，血浆置换、静脉输入大剂量免疫球蛋白等也是该疾病的一些治疗方式。