环孢素软胶囊可以较好地用于预防同种异体肾、肝、心、骨髓等器官或组织移植所发生的排斥反应，也可以预防及治疗骨髓移植时发生的移植物抗宿主反应。除此之外，本品也可用于治疗经其它免疫抑制剂治疗无效的狼疮肾炎、难治性肾病综合症等自身免疫性疾病。
安全性方面，环孢素软胶囊可能引起较多的不良反应。有些患者服用环孢素软胶囊后会出现恶心、呕吐、腹痛、腹泻、牙龈增生等症状，部分患者还可能出现胰腺炎。环孢素也会导致患者出现肌肉抽筋、肌痛、关节痛、骨折、关节脱位、滑膜囊肿、滑囊炎、僵硬、肌腱疾病、肌肉无力、肌病等。还有些人使用本品后会出现多毛症，少数患者还出现过敏性皮疹，这时应立即在医生的指导下停药。
市面上，环孢素软胶囊的价格有贵的也有便宜的，一般一盒在85元到600元左右。本品已被纳入国家医保目录，患者可以走医保购买，减轻用药负担。