肛瘘复发的原因，可能与未处理肛瘘内口有关。肛瘘由内口、瘘管、外口三部分组成。其中，外口位于肛门周围皮肤上，而内口常位于直肠里，中间通过瘘管相通。如果外口堵塞，但内口未堵，肛瘘可急性发作，形成肛门脓肿，需要手术治疗；当外口破溃以后，会有脓血流出，肛门周围肿痛随即消失。

肛瘘是肛门直肠周围脓肿的后遗症，在肛门直肠齿线部有一个解剖结构称为肛窦，肛窦开口向上，通过肛腺导管与肛门周围的腺体（即肛腺）相连。肛腺腺体会分泌肛腺液，可以排到肛管里面，起到润滑大便的作用。当细菌由肛瘘通过肛腺导管，进入肛腺以后，会在肛腺周围形成脓肿。待脓肿破溃以后，从肛门周围皮肤破口穿出，脓液排出、脓腔缩小，最终形成肛瘘。