钡灌肠和肠镜的区别主要在于二者的检查方法以及检查意义不同。

1、检查方法不同：钡灌肠又称下消化道造影，是一种采用钡剂对结肠进行放射检查的方法，检查过程中医生会从肛门注入稀释过的人体不能消化吸收的钡剂，再打入少量气体，使直肠、全部结肠及盲肠显影，然后通过X光照射留取不同时间段的影像学资料；而肠镜是将一只表面是橡皮、内部是纤维、直径约1cm的细长、可弯曲的内镜通过肛门，进入直肠再到大肠，以便直接观察结肠黏膜和大肠内部情况。

2、检查意义不同：钡灌肠可以观察到钡剂在肠道内的形态及变化，进而判断肠道内是否有占位、溃疡等病变；而肠镜是检查肠道内部病变的主要方法，还可进行活检及肠镜下治疗。