目前医院提倡全程无痛治疗，所以肛瘘手术一般不会剧烈疼痛。
1、肛瘘手术可采取全麻或腰麻的方法，如果肛瘘比较复杂，建议采取腰麻，麻醉时间较长，术后需去枕平卧6个小时以上；如果肛瘘比较浅，可采取全麻和局麻，术后恢复较快。所以在手术过程中，患者一般无疼痛感。
2、由于肛瘘手术通常选择切开或切除术，术后创口开放，肛门括约肌部分被切断，术后一般不会产生剧烈疼痛。但采取挂线疗法的患者，术后疼痛剧烈，为缓解疼痛，可应用止痛棒，药效通常可持续一个星期左右。此外，还可注射长效麻醉药，比如亚甲蓝、罗哌卡因等，或者口服止痛药，以减轻疼痛。
