牙龈瘘管应根据病因进行治疗。医生首先会寻找牙龈瘘管的来源，再针对不同的原因采取不同的治疗措施，一般使用牙胶尖或是金属丝作为诊断丝，将诊断丝插入瘘管处，再拍X线来判断瘘管的来源，然后进行治疗。
1、如果诊断丝指向牙齿的根尖部，瘘管多半是牙髓来源。牙髓来源的瘘管进行彻底的根管治疗或完善的根管治疗以后，就可以很快消失和闭合。
2、如果诊断丝指向牙根侧方，瘘管多半是牙周来源。牙周来源的瘘管经过牙周的系统治疗、手术治疗以后，也会马上闭合。
3、如果诊断丝远远超过了根尖，指向牙槽骨部位，瘘管可能是牙龈角化囊肿来源。颌骨角化囊肿来源的瘘管可通过外科治疗将囊肿切除，进而控制病情。
应注意，瘘管提示身体出现了异常情况，如果不积极进行治疗，病情可能会长期存在或是逐渐加重，建议患者高度重视、高度关注瘘管的情况。
