眼球萎缩的病因主要与其类型有关。

1、如果是先天性的眼球萎缩，可能是在眼球没有发育时，或者刚出生时，存在感染等因素，使眼球没有完全发育所导致。

2、如果是后天性的眼球萎缩，更多的与外伤有关。如果眼部出现外伤，可能导致眼内容物脱失，从而造成眼球变小、变软，随后眼球会逐渐萎缩。此外，部分严重的眼部疾病，如比较严重的脉络膜炎，可能导致眼睛内的房水分泌减少，随后眼球会失去正常的结构，而视网膜功能也可能丧失，随着时间的发展，可能引起眼球萎缩。