灼口综合征的病因并不是十分清楚，发生与雌激素水平、情绪、睡眠等因素有关。
1、雌激素：很多患者出现在更年期妇女。更年期妇女体内雌激素水平下滑，导致口腔黏膜末梢神经的感受性发生改变，这时口腔黏膜没有病变，却出现烧灼样疼痛。
2、情绪：很多灼患者都有严重的焦虑和抑郁。焦虑表现为对周围事物过于担心、焦虑，抑郁表现为情绪低落，对任何事情都不敢兴趣。
3、睡眠：大部分患者都长期处于失眠状态，如果失眠状态得到改善，灼口综合征就会消失。所以，失眠和灼口综合征有明显关系。
但也有一些其他病产生的症状，常被误诊为灼口综合征。如有些口腔念珠菌感染患者，实验室检查念珠菌呈阳性，口腔里也没有病损，但却有烧灼感。另外，一些贫血患者也会出现口腔烧灼感。还有一些进行牙体修复患者，对修复材料有过敏反应，也可能表现为口腔黏膜烧灼感。
