肛周脓肿的手术方法主要包括肛周脓肿切开引流术和根治性手术。
1、肛周脓肿切开引流术，又叫单纯引流术，主要是切开排脓，适用于各种肛周脓肿。医生通常先将患者的脓肿切开，让脓液从创口中排出，待脓液排完、脓腔缩小而形成肛瘘以后再进行第二次手术（目前多使用微创手术）。
2、根治性手术，主要适用于单纯的、比较表浅的肛周脓肿。医生一般会在患者的肛门外做一个切口，将脓液排出，再用球头探针从切口探向肛门内，找到内口，然后将外口到内口之间全部切开，使脓腔充分暴露，从而帮助肉芽组织从脓腔底部向上生长，使原本发生脓肿的部位逐渐愈合。
此外，部分脓肿比较深，一次性切开后位置比较高，在手术治疗的过程中还可能需要配合挂线来进行治疗。
