灌肠疗法本身，一般不会对人体产生明显危害，仅可能刺激直肠或者结肠黏膜。通常认为的“灌肠对人体造成危害”，多是指在灌肠中所应用的药物对人体产生的一些不良反应。灌肠可分为不保留灌肠和保留灌肠。
1、不保留灌肠：是将通便剂经导管注入直肠或者结肠内，通过药物刺激肠蠕动，来达到解除便秘或肠梗阻的目的；或者将通便剂灌入肠道内，从而刺激肠蠕动，以清洁肠道，进行术前准备。
2、保留灌肠：是将治疗溃疡性结肠炎的药物，通过导管灌入直肠或结肠内，使药物直达病所后，仍可保留一段时间（半天时间），从而使药物尽可能被肠道充分吸收，以达到治疗疾病的目的。如果患者对灌肠时应用的药物有所排斥，则可能无法在体内保留，会直接排出体外。
