口腔念珠菌病不会自愈。一旦发生感染，就需要进行药物干预和治疗，同时还要改善口腔卫生习惯来预防其再次发生。如果不进行正确治疗，念珠菌的感染会长期存在。如果念珠菌感染并未急性发作给患者带来痛苦，这种情况下，患者很难察觉到自身体内一直都存在念珠菌感染。
因此，不能期望口腔念珠菌病会自愈，而要积极治疗。应及时去医院找医生进行正确的诊断，并且选择一定的药物进行治疗，包括全身用药和局部用药。全身用药主要采用抗真菌累药物，例如制霉菌素片、氟康唑胶囊、两性霉素B、伊曲康唑等等；局部用药主要采用含漱液，可以用3%的碳酸氢钠液，也可以用氯己定或者复方氯己定含漱液，这些含漱液都具有弱碱性，对念珠菌有一定的抑制作用，除此之外，其他含漱液例如西吡氯铵含漱液、聚维酮碘含漱液，也都对真菌有抑制作用。
