治疗大便不成形的药物种类较多，主要根据患者的病因进行选择，需长期服药者还可考虑中医药治疗。

1、如果是由于脾胃虚弱、消化不良引起，可适当服用具有健脾胃、助消化作用的药物，比如健胃消食片等，一般中医中药的治疗效果较好。

2、如果是感染引起的大便不成形，可在医生指导下服用头孢等抗生素类药物。

3、如果是因寄生虫感染所致，比如阿米巴痢疾引起的大便不成形，需遵医嘱服用甲硝唑等可杀灭阿米巴原虫的药物，进行治疗。

4、如果大便不成形是由菌群失调引起，可以适当服用益生菌，比如整肠生（地衣芽孢杆菌活菌胶囊）、金双歧（双歧杆菌乳杆菌三联活菌片）等药物，以调节肠道菌群。

5、如果大便不成形患者需要长期用药治疗，可选择中医药治疗，常用药物如人参归脾丸、参苓白术散等。

此外，若大便不成形是由于肠道肿瘤引起，需进行手术治疗，才能达到治疗效果。