新生儿肺炎是最常见的感染性疾病，但大多数肺炎都比较轻，通过临床积极治疗，是可以治愈的，一般不会出现后遗症。少数患者合并有其他系统病变，就可能会出现后遗症。

如果新生儿肺炎比较严重，如细菌感染引起的重症肺炎，以及支原体、腺病毒感染引起的感染性肺炎等，病原体对气道黏膜的损伤是长期、反复的，患儿可能会出现气促、喘息、肺功能异常等，就会有不同程度的后遗症。如果新生儿肺炎出现血行播散，引起严重感染，如败血症、化脓性脑膜炎，也可能会有后遗症。