清热化毒丸在市面上所售为处方药物，应在医生的指导下服用。具体怎么服用，如用药量、频次、用药疗程等，应听从医嘱。就医时，患者要和医生详细说明有无特殊病史、过敏史、近期用药情况，以排除用药禁忌，减少用药风险。
本品常见为大蜜丸，服用时可嚼服也可分份吞服，儿童应在成人监护下服用，以免发生危险。本品对用药时机没有特别要求，饭前饭后服用都可。若胃肠功能较差，可饭后半小时服用，以药物缓解对胃肠的刺激性。本品含有朱砂，主要成分为硫化汞，不可长期或过量服用，否则可引起蓄积性汞中毒。
服药期间饮食应清淡，不宜食用辛辣刺激的食物，以免加重病情。另外还要多喝水，多吃新鲜的蔬菜、水果，保持大便通畅，平时注意适当锻炼，提高身体抵抗力，以减少各种疾病的发生。