小肠镜属于消化内镜的一种，与胃镜、肠镜相同，都是有创的侵入性检查，所以小肠镜也存在内镜检查的风险，比如局部穿孔、局部感染、黏膜损伤等。另外，在进行小肠镜检查前，医生会先清洁患者的肠道，而在清洁肠道的过程中，患者可能存在发生脱水、电解质紊乱等风险。

需要注意的是，在小肠镜的操作过程中，尤其是经口小肠镜的操作过程中，操作者可能要反复进镜、退镜，并反复刺激患者的十二指肠大乳头（即胆总管和胰管的共同开口处），从而诱发胰腺炎，此种情况是其他的内镜检查不容易出现的并发症。因此，对于经口小肠镜来说，还存在诱发胰腺炎的风险。