肉蔻四神丸具有温中散寒，补脾止泻的功效，一般用于治疗大便失调，黎明泻泄（指常在早晨或黎明时分拉肚子），肠泻腹痛，不思饮食，面黄体瘦，腰酸腿软等病症。以下为本品的合用禁忌：
1、本品含白芍，不宜与藜芦及含有藜芦的制品合用，如三七血伤宁胶囊、神州跌打丸等。两者合用，可能会使白芍的有效成分含量降低，影响疾病治疗。
2、本品中诃子肉含有较多鞣质，不宜与四环素、利福平、红霉素、林可霉素、制霉菌素等抗生素，酶制剂（胃蛋白酶、淀粉酶、胰酶、多酶等），异烟肼，金属离子制剂（硫酸锌、碳酸钙、硫酸亚铁、次碳酸铋、胃舒平）等合用。
3、本品含有罂粟壳，有一定成瘾性，服用本品时不宜与其他含罂粟壳、盐酸吗啡、磷酸可待因、盐酸罂粟碱等易产生依赖性的产品同时服用。
本品与其他药物合用也可能会发生药物相互作用，因此服药期间请患者不要自行合用其他药物，如必须合用，请先咨询医生。