一般情况下，三黄珍珠膏不宜与乙醇及其制剂合用，如消肿止痛酊、正骨水等。另外，若使用乙醇消毒，须用生理盐水冲洗后再用棉球擦净晾干，然后涂药，以免乙醇随药渗入肌肉引起刺痛。本品与其他药物可能也会发生相互作用，导致药效降低或产生毒副作用，患者若需要同时使用其他药物，应提前咨询医生，以减少用药风险。
部分患者在初次涂抹本品时，有轻度刺激感，一般为正常反应，待形成药膜后刺激感可减小至消失。治疗期间，饮食应清淡，不宜食用辛辣、腥发、海鲜食物，以免影响伤口愈合。平时要注意保护好创面，尽量少沾水，防止感染，若有感染的迹象，还应在医生的指导下服用抗感染的药物，以免使患处恶化。