五子衍宗丸在传统医学和现代医学方面，都有相应的功效。
1、传统医学观点：五子衍宗丸是由枸杞子、菟丝子、五味子、覆盆子和车前子组成的。这五种药物的主要功效在于补肾益精，可以用于改善肾精亏虚所导致的阳痿、早泄、遗精、腰疼、尿后余沥（即尿不尽、滴沥）等症状。另外，上述药物也有清热、酸甘敛阴的作用，比如车前子有清热作用；五味子有酸甘敛阴作用。
2、现代医学发现：五子衍宗丸具有抗氧化应激、抗细胞凋亡、增强免疫、抗衰老等药理作用。
综上，五子衍宗丸的应用非常广泛，一般由肾精亏虚所导致的男科疾病、神经系统疾病、泌尿系统疾病等，都可以应用该药进行治疗。