在结核性口腔溃疡发病初期，患者的口腔黏膜会出现一个深大的溃疡，且伴有剧烈疼痛。

在结核性口腔溃疡早期，患者通常会出现剧烈疼痛；但在癌性溃疡早期，患者通常没有明显的疼痛，通常在疾病持续进展3~4个月后，才会出现疼痛。因此，可通过早期是否出现疼痛，来区分结核性口腔溃疡和癌性溃疡。

此外，在临床上还可以根据溃疡的发作特点来区分结核性口腔溃疡和重型复发性口腔溃疡。结核性口腔溃疡不会反复发作，也没有小溃疡的发作史，首次发病即为面积较大的溃疡；而重型复发性口腔溃疡是由轻型反复发作、逐渐过渡发展而来的。