细菌感染引起的直肠溃疡，通过吃药多数可以治好；而溃疡性直肠炎引起的溃疡，通过吃药仅可控制症状，溃疡可能会反复复发。

1、如果是细菌感染引起的直肠溃疡，遵医嘱应用抗生素治疗（如三代头孢类、针对厌氧菌的甲硝唑等），有助于溃疡面的修复，促进溃疡愈合，患者一般预后较好。

2、如果是溃疡性直肠炎引起的直肠溃疡，遵医嘱应用柳氮磺胺吡啶制剂、美沙拉嗪（既有局部栓剂，也有口服药物）、糖皮质激素（即强的松、泼尼松龙等）、免疫抑制剂和中药等药物治疗，有助于控制症状。但溃疡性直肠炎可能会反复复发，因此患者通常需长期随访，并进行长程且规律的治疗，以避免溃疡复发。