新生儿惊厥的病因错综复杂，就会导致早期病死率高。部分远期存活儿可能会存在神经系统后遗症，如癫痫、脑瘫、智力低下、运动和行为障碍、发育迟缓、注意不集中等。

1、新生儿惊厥急性发作时，患儿可能会由于呼吸肌痉挛，出现呼吸暂停、缺氧窒息。新生儿惊厥可以引起脑温度升高、脑代谢率提高，还可以促进活性氧等有害因子产生，进而加重原发病对脑部的损伤。新生儿惊厥还可能会导致胃内容物返流误呛入气管，引起吸入性肺炎。

2、导致惊厥的原因是影响预后的重要因素，早产儿惊厥的预后一般比足月儿差。由低钙引起的惊厥，预后一般比较好；而由新生儿缺氧缺血性脑病引起的惊厥，部分患儿可能会存在神经系统后遗症，尤其是脑电图异常的患儿。如果脑内存在较为严重的原发性疾病，就会使惊厥难以控制，预后就较差。