新生儿惊厥的治疗效果主要取决于病因。任何病因所致的惊厥首先应控制惊厥发作，以尽量减少进一步的脑损害。

1、如果是由于低血糖和低血钙等代谢紊乱导致的，在原发疾病得到有效控制及缓解后，症状就会减轻甚至消失。

2、如果是由于缺氧缺血性脑病导致的，若缺氧缺血性脑病比较轻微，预后一般比较好；若是中重度缺氧缺血性脑病，可能会存在一定程度的后遗症，

3、如果患儿存在惊厥阳性基因，目前尚无法在基因水平进行针对性治的疗，只能以抗惊厥、减轻症状为主，部分可能会发展成为癫痫性脑病，导致生长发育迟缓、智力落后。

4、如果是由于先天性脑发育畸形导致的，临床控制惊厥是非常困难的。