乙肝抗病毒治疗通常会有一定的副作用，具体情况与患者所采用的药物治疗方案有关。

1、干扰素治疗。干扰素治疗有一定的副作用，常见的主要表现为发烧、肌肉酸痛、全身乏力、食欲减退以及局部疼痛等感冒样症状。此外，干扰素治疗还可对甲状腺功能、造血功能等造成一定的影响。

2、直接抗病毒治疗。口服的直接抗病毒药物一般较为安全，患者大都自觉无明显的副作用。但恩替卡韦偶尔可能会有乳酸酸中毒、肾脏损伤、影响骨密度等副作用，用药时需引起重视。

综上，无论是干扰素还是直接抗病毒治疗，都具有非常良好的安全性。在乙肝抗病毒治疗的过程中，需不断的进行临床检测，以有效预防副作用；及时调整治疗方案；积极对应处理不良反应。