引起脐带囊肿的原因较为复杂，与不同的解剖结构有关，具体如下：

1、假性脐带囊肿可能来源于血管或者华通胶的胶原组织。

2、真性脐带囊肿可能是胎儿的内脏器官通过脐带凸出，与脐带在胚胎时的发育异常有关，可能来源于尿囊管或肠系膜管，多发生在靠近胎儿的一端，跟胎儿的膀胱发育、肠管发育有关。

脐带囊肿是指超声下看到脐带上存在一个无回声区，很难去鉴别其具体的原因。脐带的解剖结构比较复杂，来源于好几种成分。脐带的本质是由胶原组织（华通胶）包绕并保护着三根血管（即两根脐动脉和一根脐静脉），是胎儿与母体之间进行血液交流的重要器官，通过脐带为胎儿运送其需要的营养物质、氧气，并将胎儿产生的代谢废物、二氧化碳排出，所以，这三根血管是很重要的。而脐带囊肿，可能来源于血管，也可能来源于华通胶；也可能是胎儿的内脏器官通过脐带凸出去，即真性囊肿。