肛门畸形通常可以预防，具体有优生优育、避免外伤及手术并发症等预防手段。

1、优生优育。优生优育是预防肛门畸形的重点，通常提倡孕妇定期产检，以预防新生儿肛门畸形；积极做产前基因检测，以避免相关遗传性基因的影响。另外，在孕妇妊娠期，特别是前几个月的关键时期，还需尽量防止病毒或细菌的感染，避免应用一些致畸的药物。虽然优生优育不能完全预防先天性的肛门畸形，但总体预防效果很好，基因检测技术日益发达，可能会进一步提高肛门畸形的预防效果。

2、避免外伤及手术并发症。后天性肛门畸形的预防主要在于避免外伤及手术并发症等。