先天性肠旋转不良的原因主要与胚胎时期的中肠发育有关。另外，先天性肠旋转不良，也与遗传有一定关系。

通常，肠道在发育过程中，会通过旋转逐渐恢复到原来的位置。而多种原因，比如出现感染，或者有化学和物理因素刺激等，都可能导致肠道在胚胎发育过程中出现异常，进而使以肠系膜上动脉为轴心的旋转受到阻碍，因此肠道不能恢复到原来正常的位置；另外，当肠道旋转受到阻碍时，还可能会形成肠扭转，造成肠梗阻。

综上所述，先天性肠旋转不良与胚胎发育过程中，受到额外刺激或者副作用有关。所以，在胚胎发育早期，孕妇一定要注意避免各种各样的细菌或者病毒感染，以及化学或者物理的不良刺激，从而避免导致先天性肠旋转不良。