胚胎停止发育的原因非常复杂，主要与母体因素、父亲因素、胚胎因素、环境因素等因素有关，还有约40%~50%的停育不能找到明确病因。
一、母体因素。
- 1、感染：病毒感染是引起胚胎停育的常见病因之一。孕妇感染流感病毒，或者孕妇生殖道感染沙眼衣原体、解脲支原体等，都有可能导致胚胎停育。
- 2、内分泌异常：如黄体功能不全、高催乳素血症、甲状腺功能减退等因素，均可影响胚胎的植入、着床及继续发育；妊娠早期血清绒毛膜促性腺激素、孕酮、雌二醇水平降低，也与胚胎停育具有一定的相关性。
- 3、疾病：如糖尿病、高血压、病毒性肝炎、重度贫血、慢性肾炎、严重营养不良、维生素缺乏、子宫肌瘤、子宫内膜异位症、宫腔粘连等，这些母体本身的疾病均可影响到胚胎的正常发育，最终导致胚胎停育的发生。
- 4、不良生活习惯：喝酒、抽烟、吸毒、喝浓茶或喝咖啡、被动吸烟等均可影响胚胎的早期发育。
二、父亲因素。父亲精子核蛋白不成熟，可能导致胚胎停育。
三、胚胎因素。胚胎染色体数目异常以及结构异常，都能够引起胚胎停育，16号染色体三倍体改变、染色体平衡易位较常见。
四、环境因素。
- 1、物理因素：微波、噪音、高温、X射线、电离辐射等，可能与胚胎停止发育有关。
- 2、化学因素：日常接触到重金属、有机溶剂、化学药品、居室装修污染，孕前3个月或妊娠期使用不合格的染发剂，也可能引起胚胎停育。