颌骨囊肿的病因与该病的类型有关。临床上颌骨囊肿主要包括角化囊肿、根尖囊肿以及颌骨外渗性囊肿，不同的类型病因也有所不同。
1、角化囊肿。该病是一种先天性的牙源性囊肿，与牙齿以及成牙组织（即导致牙齿发育的组织）相似，主要是由于在胚胎发育过程中，有些残余上皮残留在颌骨内，在感染等特定情况下，就可能形成囊肿。但这些残留的上皮也可能只是终生存在，不会形成囊肿，对人体也没有危害。
2、根尖囊肿。该病主要是由于牙齿发生感染，导致牙齿根尖出现一种慢性增生性的肉芽性病变，从而刺激根尖出现炎性的囊肿，形成囊壁。通常根尖囊肿较小，在牙体牙髓科通过补牙或根尖手术即可解除；但当囊肿埋得较深或未及时治疗，就可能危害到骨头以及神经，严重时可能需要全部切除。
3、颌骨外渗性囊肿。该病主要由于外伤等原因，造成了颌骨内内出血，由于患者仅有轻微的疼痛、肿胀，且一段时间后可自行消退，因此未能及时治疗，潜移默化的，它在颌骨内就形成了囊肿。但这个囊肿没有囊壁，只有里面的渗出形成。
需要注意的是，除了上述颌骨囊肿分类外，还有一些少见的，比如正中囊肿、鼻唇囊肿以及始基囊肿等。多数情况下，这些囊肿都是偶然发现，但一旦出现颌骨囊肿，通常需要及时就诊，由医生通过病理来明确诊断。如果明确是外渗性的囊肿，轻度的没有必要进行处理，但严重的需要予以针对性的治疗。
