颌骨囊肿的治疗方法与其类型、大小、持续时间的长短以及有无感染有关。

1、如果是中小型的颌骨囊肿，即局限在一到三个牙齿范围内，直径在2到4厘米之间的囊肿，通常是在全麻下进行手术的刮治，手术通常是从口腔中将黏膜切开，暴露病变区域后，使用凿子或电钻等器械将囊肿揭开，将其中的乳白色囊液放出来，并将囊肿的囊壁刮除干净。之后还需使用动力钻将颌骨表面打磨一层，使潜在的子囊暴露出来，并将其清除干净，以防止其复发。另外，还需将颌骨囊肿的骨壁用电刀将出血点凝固，以防止骨壁中渗血，导致术后感染。

2、如果是多囊的囊肿，且范围较大，甚至已经引起颌骨膨隆、颌骨变形，并且向舌侧或向颊侧的颌骨变厚，当颌骨囊肿大到一定程度时，骨壁就会变得很薄。此时一般是进行开窗手术，以避免因为手术使骨壁变得更薄，从而造成术后颌骨易断，并且一旦断裂，由于骨接触面较窄，是很难愈合的。

3、如果颌骨囊肿很大，并且是多发性（即大囊套小囊），特别是已经导致部分骨壁被完全吸收，跟周围软组织贯通，甚至出现了继发感染，就需要将感染的颌骨切除。

需要注意的是，术后还需要关注牙齿的问题，如果囊肿波及了牙齿，并且造成了牙齿的松动，可能很难保留，需要在术后植骨以及种植修复；如果牙齿的牙根被肿瘤包裹，并且牙根周围有足够的骨量，牙齿没有松动，则需要在术前行根管治疗，以保留牙齿。