颌骨囊肿手术后的并发症主要包括神经麻木、颌骨断裂、愈合延迟等。
1、神经麻木。以下颌骨为例，下颌管中有下齿槽神经，当囊肿生长到一定程度时，就会将下颌管推到边缘的地方。当进行颌骨囊肿刮治时，有时会将神经管暴露，神经非常的敏感和脆弱，当碰到神经时，就会产生麻木，麻木的范围主要是牙床、下唇以及下颌。如果小的囊肿，对神经破坏不是很大，仅仅是一种牵扯，多数情况下在6个月到8个月可以恢复，或者大部分恢复；如果说在手术过程中，由于病变把神经压得很细，或者手术的时候为了把囊肿清除干净，将神经彻底损伤了，就会很难恢复。
2、颌骨断裂。手术时通常需要去掉一部分骨头，使得颌骨在囊肿造成的骨破坏基础上更薄，因此颌骨就可能发生病理性骨折。由于下颌角是一个应力集中区，当咬硬物或者打哈欠时，都有一定的几率使该部位发生断裂。
3、伤口愈合延迟。如果是比较小的囊肿，真正发生伤口不愈合的概率较低；如果是比较大的囊肿，术后常需要在囊肿刮除后所留的腔内填充碘仿纱条，在撤出纱条后，部分患者的创口可以一期愈合，但也有部分患者由于没有骨壁支撑伤口，而暂时裂开，需要换药，有些换药时间较长，需要三个月、四个月甚至半年，伤口才能最终愈合。
此外，颌骨囊肿还存在感染、出血等常见并发症。
