如果是多囊的囊肿，且范围较大，甚至已经引起颌骨膨隆、颌骨变形，并且向舌侧或向颊侧的颌骨变厚，当颌骨囊肿大到一定程度时，骨壁就会变得很薄。此时一般需要进行开窗术，以避免因为手术使骨壁变得更薄，从而造成术后颌骨易断。一旦颌骨发生断裂，由于骨接触面较窄，是很难愈合的。

以下颌骨囊肿为例，开窗术通常是先将下颌骨的最后一颗牙齿拔掉，使囊肿暴露出来，然后将囊袋分离后与周围的牙龈缝起来，使其处于侧向开放状态，然后用塞子将其塞住，以防止吃饭时食物坠入引起感染。