由于颌骨囊肿最常见发生于下颌骨，因此以下颌骨囊肿为例介绍颌骨囊肿开窗术是怎么做的。

大部分的颌骨囊肿是跟牙源性有关，且牙根通常是与囊肿贯通的，所以通常是先将下颌骨的最后一颗牙齿拔掉，使囊肿暴露出来，然后将囊袋分离后与周围的牙龈进行缝合，使其处于侧向开放状态，然后用塞子将其塞住，以防止吃饭时食物坠入引起感染。

颌骨囊肿开窗术的治疗机理是由于颌骨囊肿不断的慢性膨胀，造成了颌骨吸收，当将囊肿开放后，其中的压力就会缓解，当压力缓解后，被吸收的颌骨可以自行修复。