盆底肌电刺激治疗一般不会产生危害，只有极少数情况会由于使用不当而造成肌肉损伤。

盆底肌电刺激治疗所应用的电刺激是相对安全的，其频率、振幅、脉宽、电流强度等，都会被控制在一定的安全范围内。如果治疗时加大电流强度，使得患者能感受到收缩却感受不到疼痛，则说明电流强度在安全范围内，患者不必过度紧张。由于电刺激是一种电信号，会影响人体内的心脏起搏器等电信号装置的正常工作，所以不建议体内有心脏起搏器的患者应用电刺激进行治疗，以防干扰起搏器的正常工作。