如果患者无法忍受普通胃肠镜检查所带来的痛苦，或者病变处位于普通胃肠镜无法探查的部位（小肠等），或者胃肠道存在出血、溃疡、肿瘤等，就可以使用胶囊内窥镜进行检查。
当患者出现长期腹泻、便秘，以及消化道出血时，就需要使用内窥镜进行检查。一般情况下，医生会首选普通胃镜、结肠镜、小肠镜进行检查。但如果患者无法忍受普通胃肠镜检查所带来的痛苦，或者病变处位于普通胃肠镜无法探查的部位（小肠等），或者胃肠道存在出血、溃疡、肿瘤等，就可以使用胶囊内窥镜进行检查。
但并不是每个患者都可以进行胶囊内窥镜检查，如果存在肠道狭窄，或者安装心脏起搏器、心脏调节器，是不适合进行胶囊内镜检查的。
