做胶囊内镜一般是不痛苦的。
在日常生活中，由于很多患者无法接受普通胃镜或肠镜检查带来的痛苦，所以为了避免痛苦，这些患者会选择做胶囊内镜检查。目前，胶囊内镜多用于检查小肠病变，因为普通胃肠镜无法探查到小肠。另外，胶囊内镜也可以起到普通胃镜的作用检查胃部病变，用其检查胃部时，应服用起泡剂，将胃扩张，以便胶囊内镜可以拍到胃的各个角落，能够看起来很清楚。
通常，胶囊内镜是用胶囊将微型摄像头装好，然后通过口腔吞咽下去，随后经食管、胃、小肠、结肠，最终经肛门排出，与人体正常消化过程完全相同，患者基本上不会感觉到痛苦。
