新生儿喉咙有痰的原因主要有以下两个方面：

1、新生儿喉咙有痰常见于呼吸系统感染性疾病，如感冒、严重肺炎等。细菌、病毒等病原体侵入气道后，会损伤气道黏膜，刺激气道分泌物增多。且由于新生儿咳嗽反射弱，尤其是早期新生儿，一般没有自主咳痰动作，就无法将分泌物经口腔咳出，进而导致痰液堆积在喉咙内。

2、当新生儿存在重症肌无力或者中枢神经系统疾病时，因自身咳嗽反射不敏感，即使是少量的气道分泌物，也会堆积在喉咙内，并逐渐形成大量痰液。