新生儿咳嗽的原因主要有以下两个方面：
1、新生儿咳嗽常见于肺炎等呼吸系统感染性疾病，主要是由于病原体感染导致的，如细菌、病毒等。临床上常见病原体有大肠杆菌、呼吸道合胞病毒、解脲脲原体等。新生儿咳嗽还可见于由百日咳鲍特菌引起的急性呼吸道传染病“百日咳”，也可见于先天性结核（因母亲患结核而在宫内被感染）。上述病原体可以侵入呼吸道黏膜，损伤黏膜保护屏障，进而诱发局部炎症反应，或者影响气道分泌物的清除，这一系列的反应再通过信号分子传递至咳嗽反射中枢，患儿就会出现咳嗽。
2、胃食管反流病，即反流的胃内容物和胃酸会不断刺激气道黏膜，从而诱发患儿出现保护性咳嗽动作。