肠镜活检有副作用。

肠镜是一种侵入性检查，在肠道准备干净以后，用内窥镜经肛门插入直肠再到结肠，然后取部分病变组织进行病理检查，明确诊断。肠镜活检的副作用主要有以下三个方面：

1、在取活检的过程中，可能会导致出血，如果医生不太注意，甚至可能会出现活动性出血，导致失血性休克。

2、如果病变是溃疡，而且患者的肠壁比较薄，在取活检的过程中，就可能会导致肠道穿孔，从而使肠道内的气体、细菌、粪便、肠内容物进入腹腔，造成感染性休克，危及患者的生命健康。

3、肠镜分为普通肠镜和无痛肠镜，部分患者对疼痛比较敏感，就可能会出现疼痛、腹胀等局部不适。