输卵管囊肿的治疗方法取决于疾病的严重程度。
1、如果输卵管囊肿较小，患者没有自觉症状，可进行随访观察，通常无需特殊处理，建议3～6个月复查一次超声，了解囊肿的情况。平日应注意休息，避免剧烈运动，以免发生输卵管囊肿扭转或破裂。
2、如果输卵管囊肿较小，患者出现小腹坠痛、腰骶酸痛、月经量增多等症状，考虑合并盆腔炎，通常需进行抗炎治疗。医生会根据具体感染的情况，给予相应的抗生素。同时，还可以采取理疗的方法，比如微波、红外线照射等方法，促进盆腔血液循环，有利于炎症的吸收和消退。
3、如果输卵管囊肿较大，患者出现腹痛、尿频、肛门坠胀感等症状，或者输卵管囊肿增长较快，或者输卵管囊肿扭转或破裂，引起急性腹痛，均需要进行手术治疗。医生会根据患者的具体情况选择输卵管囊肿剔除术或者输卵管切除术。相对于经腹开刀，手术路径一般首选腹腔镜手术。