男性沙眼衣原体阳性，首先要看检测的样本是来自眼睛的分泌物还是尿道的分泌物，以确定感染部位。沙眼衣原体如果感染眼睛，可导致沙眼；如果感染泌尿系统，可导致非淋菌性尿道炎。
一、沙眼的治疗。
- 1、急性期沙眼，全身及局部应用抗生素治疗，可口服阿奇霉素；外用四环素眼膏、红霉素眼膏等。
- 2、慢性期沙眼，可出现角膜血管翳、睑结膜乳头增生、睑内翻等情况，此时可能需要借助眼部手术矫正眼部结构和恢复视力。
二、非淋菌性尿道炎的治疗。主要通过抗菌药治疗，沙眼衣原体感染主要使用大环内酯类抗生素，比如罗红霉素、克拉霉素、阿奇霉素等等。另外，由于本病属于性传播疾病，配偶需要同时接受治疗。
