肠黏膜慢性炎在临床上应称为慢性肠炎，患者需在医生的指导下，根据病因和临床症状，选择合适的抗感染药物、止泻药、止痛药、止吐药、肠道菌群调节药以及中成药等治疗，以取得最好的效果。
1、抗感染药物。对于病毒、细菌、真菌、寄生虫等病原体感染引起的患者，应在医生的指导下，通过粪便常规、粪便培养等检查确定病原体种类，再根据药敏试验结果，选择合适的抗感染药物治疗。例如，细菌感染引起者，可服用红霉素、庆大霉素、诺氟沙星等药物治疗；真菌感染引起者，可服用制霉菌素和两性霉素等药物治疗；寄生虫感染引起者，可服用吡隆酮等药物治疗。
2、止泻药。对于腹泻剧烈而持久的患者，可适当服用复方苯乙哌啶、蒙脱石散、复方地芬诺酯等药物，缓解腹泻症状。
3、止痛药。对于腹痛比较严重的患者，可服用小剂量颠茄片、阿托品等药物，来解痉止痛。
4、止吐药。对于呕吐剧烈的患者，可服用氯丙嗪等药物治疗，来缓解呕吐症状。
5、肠道菌群调节药。对于肠道菌群失调的患者，可以服用双歧三联活菌制剂、双岐杆菌活菌制剂、乳酸杆菌、酪酸梭状芽胞杆菌等药物，来改善肠道菌群失衡带来的腹泻、腹胀等症状。
6、中成药。患者还可以服用肠炎宁等中成药治疗，也具有一定的效果。